Гидрографическая служба Министерства обороны Российской Федерации предназначена для решения задач по навигационно-гидрографическому, гидрометеорологическому и топогеодезическому обеспечению сил ВМФ и других видов Вооруженных Сил Российской Федерации в океанских стратегических районах и морских зонах. Также в сфере ответственности Гидрографической службы ВМФ находятся задачи по навигационно-гидрографическому обеспечению морской деятельности Российской Федерации с учетом международных обязательств по охране человеческой жизни на море во внутренних морских водах, территориальном море, прилежащей и экономической зонах (за исключением трасс Северного морского пути), находящихся под юрисдикцией Российской Федерации.

Основными задачами службы являются:

• руководство поддержанием сил и средств навигационно-гидрографического, гидрометеорологического и топогеодезического обеспечения (далее именуется – НГО, ГМО и ТГО) в установленной боевой готовности к выполнению задач НГО, ГМО и ТГО боевой и повседневной деятельности сил (войск) флотов, Каспийской флотилии, других видов Вооруженных Сил РФ в назначенных операционных зонах (зонах ответственности);
• организация проведения океанографических, гидрографических и морских геофизических работ в океанах и морях в интересах обороны страны и НГО морской деятельности РФ;
• руководство работой по созданию навигационных морских, геофизических и других специальных карт (в том числе электронных), руководств и пособий для плавания в Мировом океане и обеспечение ими в установленном порядке потребителей РФ и зарубежных государств;
• руководство обеспечением (снабжением) сил (войск) ВМФ морскими средствами навигации и океанографии (далее именуется – МСН), поддержанием технической готовности МСН на кораблях постоянной готовности;
• содержание и развитие системы навигационного оборудования на побережье и в морских водах, находящихся под юрисдикцией РФ (за исключением трасс Северного морского пути) в интересах обороны страны и НГО морской деятельности РФ, обеспечение действия средств навигационного оборудования с установленными характеристиками и режимами работы;
• руководство непосредственно подчиненными воинскими частями и организациями; методическое руководство подчиненными по специальным вопросам органами военного управления, соединениями, воинскими частями и организациями ГС ВМФ;
• участие РФ в деятельности Международной гидрографической организации (далее именуется – МГО) и Международной ассоциации маячных служб (далее именуется – МАМС), взаимодействие и сотрудничество с другими международными и региональными мореведческими организациями.

На Гидрографическую службу ВМФ возложено также выполнение иных задач, предусмотренных нормативными актами РФ, указами и распоряжениями Президента РФ, приказами и директивами Верховного Главнокомандующего Вооруженными Силами РФ, приказами и директивами Министра обороны РФ, директивами Генерального штаба, приказами и директивами Главного командования ВМФ.

Органом управления Гидрографической службы ВМФ является Управление навигации и океанографии Министерства обороны Российской Федерации.