Главное управление является центральным органом военного управления и подчиняется первому заместителю Министра обороны Российской Федерации.

Главное управление военного бюджета Министерства обороны Российской Федерации предназначено для организации реализации государственной бюджетной политики в Вооруженных Силах Российской Федерации в части финансового планирования и исполнения федерального бюджета, реализации бюджетных полномочий Министерства обороны как главного распорядителя бюджетных средств и главного администратора доходов бюджетной системы Российской Федерации, финансирования подведомственных распорядителей (получателей) бюджетных средств, ведения бюджетного (бухгалтерского) учета, формирования сводной (консолидированной) бюджетной (бухгалтерской) отчетности об исполнении федерального бюджета в Министерстве обороны, организации строительства и развития системы финансового обеспечения Вооруженных Сил.

Финансово-экономическая деятельность МО РФ